在電子顯微鏡中，壓強必須減小到這種程度，即大多數子在其全部運動過程中，不會與氣體分子相碰撞。從這個觀點講，真空度一般在10-4~10-5托就可以了。另一方面，如果用場發射陰極，則電子槍內必須保持超高真空（10"托），對于某些試樣，也希望在試樣室中達到和電子槍相近的真空度以防止試樣污染。在這二個極限之間有一個折衷既要保持足夠低的壓強，以達到所要求的目的，又不致使抽氣系統過于復雜。使用一般的真空技術便能獲得這種壓強，需要特別說明的只是下面幾點。
如果要求掃描電鏡達到高分辨本領，那么應該盡可能地隔離各種震動源。因此在用機械泵時應使它遠離電鏡，并安裝在防震支架上。為了不降低抽氣速度，擴散泵必須裝在電鏡鏡筒附近，因此擴散泵油的沸騰有時也會引起震動，所以從防震角度考慮，即使不需要達到超高真空，有時也寧可用離子泵，而不用擴散泵。
從前一級泵或擴散泵進入試樣室的油分子會吸附在試樣表面上，并被電子探針所分解。如果不斷補充吸附層，則污染相當快，幾分鐘內就可厚達0.01微米，具體時間的長短決定于電子束電流的大小。故需用較長的管道來防止油蒸氣進入試樣室。在機械泵和擴散泵之間可裝一吸附阱，擴散泵和試樣室之間加-熱-電-冷卻擋板。必要時還應在試樣周圍放-冷卻板。
對于有些場合，可以通過空氣閥門把試樣送到顯微能里，這樣因換試樣而引起的壓強增加可減少到最低的程度。另一方面，如果在觀察時要對試樣進行各種電的或機械的實驗那么最好用一個裝有這些附件的大試樣室。在這種情況下抽真空的時間可以允許長到5~10分鐘。
